深冷温度为-140℃冷冻机的冷凝器，长期使用后容易在管道内形成水垢。如果不及时处理，水垢会影响换热效果，导致机组冷凝温度升高，进而导致制冷量下降，机组耗电量增加。
1.机械除垢法:机械除垢是用软轴垫圈对钢制冷却管冷凝器进行除垢的一种方法。操作方法是将冷凝器中的制冷剂抽出；关闭冷凝器和制冷系统之间连接的所有阀门。
2.化学酸洗除垢法:用配制好的弱酸性除垢剂清洗冷凝器，使水垢脱落，提高冷凝器的传热效率。操作方法是:在酸洗槽中准备好除垢液，启动酸洗泵，让除垢液在冷凝器的冷凝管中循环24小时。一般24小时后水垢基本清除；酸洗泵停止工作后，用圆钢刷在凝汽器管壁来回刷，用清水冲洗水垢和铁锈；然后用清水反复清洗残留在管道中的清洁剂溶液，直到干净为止。
3.电子磁化水除垢法:电子磁化水装置的工作原理是在常温下将流经冷凝器的冷却水中的钙、镁等盐类以正负离子状态溶解在水中。当冷却水以一定速度流过磁化水器的横向磁场时，溶解的钙镁等离子体获得感应电能，改变其电荷状态，离子间的静电引力被扰乱和破坏，从而改变其结晶条件，使晶体结构松散，抗拉和抗压能力降低，无法形成粘附力强的硬垢，成为松散的污泥，随冷却水的流动排出。
这种除垢方法既能有效防止新垢的产生，又能去除原有的水垢，因为使用电子磁化水装置后，离子失去了除垢能力，从而失去了对原有水垢的保护。此外，磁化的冷却水具有一定量的感应电能。同时，由于冷凝器中的钢管与水垢的膨胀系数不同，原有的水垢逐渐开裂，磁化水不断侵入裂缝，从而破坏原有水垢的粘附性，使其逐渐松动并自行脱落，不断被循环冷却水带走。
-140℃深冷冷冻机的冷凝器一旦结垢，热阻大，所以热阻增大，传热系数值减小。因为冷凝温度与传热系数成反比，冷凝器温度升高，冷凝压力也相应升高。冷凝器结垢越严重，冷凝压力就会越高，这会增加冰箱的耗电量和制冷系统所有运行设备的耗电量，造成电能的浪费。
